Отдел образован 20 июля 2010 г. распоряжением Высокопресвященнейшего Сергия, митрополита Воронежского и Борисоглебского.

Одним из важных направлений церковной социальной работы является помощь пострадавшим в результате чрезвычайных ситуаций: стихийных бедствий, техногенных катастроф, терактов и др. Церковь должна быть рядом со страдающими в чрезвычайных ситуациях людьми, поддерживать, оказывать духовную помощь, психологическую поддержку пострадавшим и членам их семей и при необходимости организовывать экстренную гуманитарную помощь.

В связи с этим 31 августа 2010 г. Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Кириллом и Министром РФ по делам ГО и ЧС Сергеем Шойгу было заключено Соглашение о сотрудничестве между Русской Православной Церковью Московского Патриархата и МЧС России. Аналогичное Соглашение между Воронежской и Борисоглебской епархией и Главным управлением МЧС России по Воронежской области подписано 2 ноября 2010 г. митрополитом Воронежским и Борисоглебским Сергием и начальником ГУ МЧС по Воронежской области Игорем Кобзевым.

Соглашение предусматривает совместную работу по таким направлениям, как планирование и координация помощи пострадавшему в ЧС населению, организация совместных учений, также проведение различных конференций и семинаров, духовно-нравственное просвещение сотрудников подразделений МЧС России.

Епархиальный Отдел по взаимодействию с региональным центром МЧС в своём составе насчитывает 17 священнослужителей, несущих служение во всех благочиниях Епархии. В настоящее время определён специальный порядок взаимодействия священников Отдела с подразделениями МЧС Воронежской области, разработан механизм оповещения о возникновении чрезвычайных ситуаций.

В марте 2011 г. по благословению Высокопреосвященнейшего Сергия, митрополита Воронежского и Борисоглебского, в Учебно-методическом центре по ГО и ЧС Воронежской области проведено обучение священнослужителей епархиального Отдела по взаимодействию с региональным центром МЧС по программе «Защита в чрезвычайных ситуациях». В процессе учебы были рассмотрены вопросы классификации чрезвычайных ситуаций, их мониторинга и прогнозирования, технические средства защиты, взаимодействие различных организаций в плане предупреждения ЧС и ликвидации их последствий, пожарной безопасности, медицинской помощи пострадавшим. В завершении обучения всем слушателям были выданы соответствующие удостоверения.

В настоящее время священнослужители Отдела активно сотрудничают с подразделениями МЧС по вышеуказанным направлениям. Также, для повышения эффективности своего служения Отдел по взаимодействию с региональным центром МЧС сотрудничает с другими епархиальными Отделами.